Según las diversas sentencias emitidas por los tribunales, Fernández prevaricó al negarse en diferentes ocasiones a dar posesión de su cargo al secretario interventor del Consistorio de Arrúbal, José Luis Moreno, que fue nombrado en febrero del 2002 mediante una resolución de la Dirección General de Administración Local. Antonio Fernández se ausentó en varias ocasiones del Ayuntamiento pese a haber concertado una cita con el secretario. En otras, la incorporación de Moreno no fue posible porque el alcalde le reclamó la presentación de documentos prescindibles.

A tenor de los datos del Ministerio de Justicia, la política de indultos que está llevando a cabo el PSOE durante la presente legislatura es bastante restrictiva. En el año 2005 llegaron al Ministerio 9.390 expedientes para su posterior estudio por el Consejo de Ministros, que es quien finalmente decide sobre estos asuntos; el Gobierno aprobó 453 y el resto fueron archivados, es decir, se indultaron al 5% de los condenados que pidieron la medida de gracia.

Cualquier ciudadano puede solicitar la concesión de un indulto. Por norma general se deniega la conmutación de la pena a los condenados por delitos de violencia de género, violación o racismo, y también los inculpados por otros delitos que generan alarma social como tráfico de armas, asesinatos o torturas.

Para conceder esta medida de gracia se valoran circunstancias como que el condenado no tenga antecedentes penales, que haya pagado a la víctima la indemnización fijada o que el tribunal sentenciador emita un informe favorable.