El monasterio de San Millán de Suso después de la Desamortización de Álvarez Mendizábal, del año 1835 al año 1844, estuvo a punto de su desaparición por su abandono y desolación. En ese año fue adquirido esta pequeña joya artística, en unión de su área forestal a un rico comerciante vecino en aquellas fechas de Madrid y natural del pueblo de Berceo. Don Alejandro Peña Villarejo había adquirido el monumento y la dehesa por la cantidad de 328.666 reales y gastó 19.731 reales más en la reparación del monumento.
El señor Peña Villarejo, cuando tomó posesión del lugar lo encontró en ruina pues habían sido robadas la mayor parte de las tejas de la techumbre, habían desaparecido puertas, ventanas, lienzos y los altares desmantelados excepto el mayor que contenía las famosas tablas de Suso, unas de las más importantes en lo pictórico del Patrimonio Emilianense dignas de ser visitadas, ahora conservadas en el Museo de la Rioja. También estas tablas pasaron su odisea en aquellos tiempos hasta que fueron trasladadas a Logroño en el año 1.944.
Posteriormente el comprador, señor Peña, no tenia ningún inconveniente en cederlo al Estado español y así fue indemnizado con el precio del monumento y el costo de las obras. Más tarde fue asignado un conserje para su custodia a mediación de las instituciones provinciales y del Estado español, comenzando los primeros proyectos de reparación en el año 1.866 (grabado de ese año que acompaña al artículo). Posiblemente lo más urgente fue la reparación del tejado realizado por albañiles del pueblo de San Millán de la Cogolla, Benito y Domingo Canillas, que tuvo un coste total de 1.768 reales.
Lentamente el monumento de Suso periódicamente se iba restaurando y a la vez se valoraba un poco más, y su declaración de monumento nacional se formalizaría el 3 de junio de 1931, justamente cumpliendo este año sus 75 años de su declaración. A partir de ese momento comenzó a la restauración y también su investigación artística, realizada en el año 1.935 por el académico Francisco Íñíguez.
Así queda una pequeña cronología del siglo XIX y primeros del XX. Un monumento que debe a Alejandro Peña Villarejo, bienhechor del monumento ahora Patrimonio de la Humanidad, un recuerdo de nuestra querida Rioja.